Dengan tidak adanya Jenderal Achmad Yani, Mayor Jenderal Suharto mengambil alih komando Angkatan Darat pada pagi hari 1 Oktober, dan pada petang hari ia melancarkan serangan balik. Setelah tragedi berdarah, disusul tragedi berdarah lainnya yang menewaskan korban hingga mencapai ratusan ribu jiwa.