Diễn ra trong bối cảnh dịch bệnh COVID-19 phức tạp, cuộc tổng điều tra phải thực hiện nghiêm quy định về phòng chống dịch, nhưng vẫn đảm bảo yêu cầu về chuyên môn và tiến độ. Trong đó, nhiều hình thức thu thập thông tin mới được áp dụng. Các địa phương đã chính thức ra quân triển khai thực hiện tổng điều tra kinh tế năm 2021 giai đoạn 2. Cuộc tổng điều tra được thực hiện từ ngày 1 - 30/7, trên phạm vi cả nước. Tổng điều tra kinh tế 2021 giai đoạn 2 nhằm thu thập thông tin của trên 5 triệu cơ sở sản xuất kinh doanh cá thể và trên 45.000 cơ sở tôn giáo, tín ngưỡng. Lực lượng tham gia tổng điều tra lần này là 30.000 người.