Beberapa mata kuliah di program studi Kedokteran Penerbangan yaitu Aerofisisiologi, Higiene Penerbangan & Antariksa, serta Transportasi & Evakuasi Medik Penerbangan. Pada Mata Kuliah Aerofisisiologi, peserta didik akan memiliki kompetensi untuk mendeskripsikan pengaruh faktor penerbangan terhadap fisiologi tubuh manusia dan mengikuti Hypobaric Chamber Training.
Pada Mata Kuliah Hygiene Penerbangan & Antariksa, peserta didik diharapkan memiliki kompetensi menerapkan prinsip-prinsip hygiene dan sanitasi penerbangan, serta hygiene dan gizi di ruang angkasa.
Menurut Ketua Program Studi Kedokteran Penerbangan Prof. dr. Budi Sampurna, SH, Sp.F(K), Sp.KP, Program Studi Kedokteran Penerbangan memiliki tiga tugas utama. Yaitu:
1. Membina kesehatan fisik dan mental pada awak udara dan penumpang pesawat udara, baik di tingkat perorangan maupun komunitas