Flere jordras er utløst, og kapasiteten til brannmannskapene i området er sprengt, sier en talsmann for operasjonssentralen i Traunstein lørdag kveld.
Byene Berchtesgaden og Bischofswiesen, som ligger sørøst i Bayern nær grensen til Østerrike, er spesielt hardt rammet. Det kommer vann både fra fjellene og fra den flomstore elven Ache.
En person har mistet livet i distriktet, opplyser en talsperson til nyhetsbyrået AFP.
Noen hus har allerede blitt evakuert. Innbyggerne er bedt om å evakuere og holde seg unne gatene, siden det er mye vann som strømmer gjennom dem.
– Nødanropene kommer hele tiden. Situasjonen er uoversiktlig og det regner kraftig, sier en talsperson for politiet i Rosenheim, som ligger om lag 100 kilometer vest for de to byene.