Pondok pesantren tersebut sekarang dikelola oleh generasi keempat dari keluarga Ali Maksum. Maya Fitria adalah salah seorang dari generasi keempat tersebut, yang sekarang menjadi Sekretaris Yayasan Ali Maksum Pondok Pesantren Krapyak, Yogyakarta. Menurut Maya, titik balik dari kesadaran para pengasuh pondok adalah ketika ibu Maya sendiri, Nyai Hanifah Ali meninggal dunia bulan November lalu karena COVID-19. Sebelumnya memang para kyai di sini masih kurang mematuhi protokol kesehatan, setelah ibu saya meninggal, baru semua lebih serius mengikuti aturan yang kita terapkan di pondok, kata Maya.
Banyak orang kehilangan rujukan Maya mengatakan di tiga pondok pesantren di Krapyak ada empat tokoh senior yang meninggal selama pandemi dan dua di antaranya postif COVID.