美国科学家恢复被删病毒序列 有望促进新冠溯源

美国科学家恢复被删病毒序列 有望促进新冠溯源
《华尔街日报》6月28日报道，拜登总统将在7月中收到一份对45天调查情况的最新报告，政府官员表示，即使是部分进展也可能缩小对新冠起源认识的分歧，并为进一步调查提供线索。
不过报道也指出，拜登政府官员警告，为期90天的新冠源头调查可能不会得出一个明确的结论，“最主要的障碍是中国拒绝提供进一步数据，也不允许调查人员进一步接触武汉病毒所的科学家们”。
布鲁姆：世卫-中国溯源报告不能代表武汉早期疫情
但是美国一位科学家上周发表的一篇论文说，“即使没有进一步的实地研究，通过更深入地探索国家卫生院（NIH）和其它机构存档的数据，也有可能促进对新冠病毒 (SARS-CoV-2) 起源或早期传播的理解。”
杰西·布鲁姆（Jesse Bloom）是西雅图弗雷德·哈钦森癌症研究中心(Fred Hutchinson Cancer Research Center) 的首席研究员、病毒学家。6月22日他发表了论文《恢复被删除的深度测序数据为早期武汉新冠病毒流行提供更多信息》。这篇论文尚未得到同行的评估。
布鲁姆的研究和探索引发了两个故事：首先他从谷歌云中恢复了一些被删除的文件，重建了13个武汉新冠疫情早期病例的序列，对这些序列的系统发育分析表明，新冠病毒在2019年12月海鲜市场相关的疫情爆发之前就已经在中国武汉市传播了。
其次，他发现一些原先存储在美国国家卫生院一个数据库里的序列被删除了，经询问，国家卫生院确认，这是在递交这些序列的中国研究人员提出要求后删除的。
对这些被删除的病毒样本序列进行研究后使布鲁姆得出结论：“作为世卫组织-中国联合报告重点的华南海鲜市场序列，并不能完全代表武汉早期疫情的病毒。”
“这支持了这种病毒的一些早期谱系没有经过海鲜市场的观点，”《纽约时报》说。“新分析支持了早些时候的说法，即在2019年12月与生鲜市场有关的最初疫情爆发之前，多种冠状病毒可能已经在武汉传播开来。”
拉瑟姆：布鲁姆研究更加推进实验室泄露说
“研究显示了一个单一物种跳跃到了人类身上，而这与我们对典型的人畜共患爆发的理解不一致。”拉瑟姆在回复评论要求的电邮中写道。“一个单一物种的跳跃，从另一方面看，暗示了实验室逃逸。”
不过，《华尔街日报》引述匹兹堡大学病毒学家库珀博士的话说，“删除的序列并不能解决关于大流行是由实验室事故还是动物传染给人的持续争论。‘你仍然可以双向争论，’他说。”
布鲁姆是今年5月14日在《科学》杂志发表的《调查新冠病毒起源》公开信的共同作者。该信批评世卫组织-中国联合调查报告，对新冠病毒的自然和实验室溢出“这两种理论没有得到平衡的考虑”；认为“进一步明确这一流行病的起源是必要、可行并能达到的”；呼吁“一个正确的调查应该透明、客观、以数据为导向、具有广泛专业知识的包容性、接受独立监督并负责地管理以尽量减少利益冲突的影响。” 该信获得美国及全球17名科学家联署。
布鲁姆在研究报告中描述了他是怎么发现美国国家卫生院删除序列数据的。他说，他在阅读一篇有关SARS-CoV-2的序列数据论文时，了解这些序列都存储在国家卫生院的序列读取档案中。
那篇论文列出了一个表格，“其中大部分条目是有关武汉大学一个项目”，“该项目代表了截至 2020 年 3 月 30 日在序列读取档案中 282 份 SARS-CoV-2 测序运行样本中的 241 份。” 这些样本是由“傅艾苏（音）和武汉大学人民医院收集的，”布鲁姆写道。
他到国家卫生院管理序列读取档案（Sequence Read Archive [SRA]）的国家生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information）搜索这一项目，得到的结果是“未找到任何项目”。然后他改搜单个测序运行样本，“结果表明测序运行已被删除，”他在文中写道。
“对于任何想了解病毒传播情况的人来说，武汉早期门诊患者的样本是一座金矿。”布鲁姆写道。
布鲁姆随后联系国家卫生院，询问为什么删除这些序列。

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